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古い話で、定かではありませんが、現在のIATA運賃体系が整えられた初期のころ、最低運賃 (Minimum Charge) と 100kg Rate (Normal Rate) が決められたそうです。

何故100kg Rateかと言うと、通常の旅客1名とその旅客の手荷物で合計平均100kgとなり、旅客運賃をベンチマークとして貨物運賃のレベルを決めたような話がありました。しばらくはこの形態で営業を続けていたところ、MinimumとNormalの間が離れ過ぎていて使いにくいと言う営業的な苦情が盛んになり、路線によっては 45kg Normal Rate が導入されたと言われています。ある路線では45kg Normal Rate は導入されずに、今日に至るも100kg Normal Rate 制度になっている路線もあります。IATA の7っある運賃調整会議で、個々にそれぞれ参加の25社の航空会社によって決められています。

運賃調整会議で試算した結果、Normal Rate のレベルを45kgに定めるのが一番適していると議決され、採択されたのだと思います。もう昔話になってしまっていて、理由は定かではありません。